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Génomique et biomarqueurs du lymphome et des tumeurs solides


RouenU1245

Thèmes de recherche & objectifs

Thèmes de recherche

Génomique et transcriptomique des lymphomes

Objectifs

Le laboratoire vise à établir des corrélations entre données moléculaires et le phénotype / la clinique des lymphomes : valeur pronostique ou théranostique ; mise en place de tests à visée diagnostic ; identification de la valeur biologique des variants identifiés dans la tumeur et le plasma.

Sous-types de lymphomes

- Lymphomes B
- Lymphome diffus à grandes cellules B
- Lymphome de Hodgkin
- Lymphome primitif du système nerveux central
- Lymphome à cellules du manteau

Expertise

Cibles biologiques et modèles in vitro/in vivo/ex vivo

Cibles : Etudes moléculaires des gènes codant pour les composantes du BCR et notamment les gènes VH, gènes drivers (MYD88), gènes du cycle cellulaire (CCND), XPO

Modèles :

- Xénogreffes sur souris
- Lignées de lymphome du manteau modifiées pour exprimer la GFP et/ou la luciférase (REC1, Granta-519, Z138 et JeKo1)
- Lignées JeKo1 et Z138 résistantes au bortezomib (JBR et ZBR)

Biomarqueurs sanguins et tissulaires

- Etude des mutations récurrentes et anomalies du nombre de copies de gènes ayant un impact pronostique.
- Etudes transcriptomiques moyen débit par RT-MLPA ciblées et transfert en immunohistochimie

Signaux pharmaco-dynamiques précoces d’activité

Corrélation entre transcriptome/ génomique et imagerie par PETScan

Outils, processus et plateformes en lien avec la recherche clinique

- Plateforme de génotypage de moyen débit, analyse PCR multiplex, étude de la méthylation de gènes clé par pyroséquencage
- Tumorothèque et Pole froid
- Cytogénétique conventionnelle et FISH
- Unité de recherche clinique avec pôle de promotion et plateforme d’essais précoces

Technologies innovantes

- RT-MLPA
- Cell-free DNA : caractérisation de l’ADN cell-free circulant tumoral dans le plasma
- Biopsie liquide
- Proximity ligation assay
- CRISPR-barcoding, CRISPR/Cas9

Plateformes & ressources techniques

- Séquenceurs (PGM), PCR quantitative (TaqMan) pyroséquenceur
- Plateforme de génotypage et analyse transcriptomique de moyen débit (Illumina, BeadExpress)
- Cytométrie de flux
- Transfection cellulaire (Amaxa), clonage, culture cellulaire
- Tissue-micro-array
- Bioinformatique
- Nanostring (Ncounter)
- PCR digitale (Stilla)

Offre de R&D

Le laboratoire propose des projets collaboratifs sur :
- la quantification des mutations récurrentes dans l’ADN plasmatique
- la correlation anatomo-cliniques / moléculaire et imagerie par TEP scan.
- des outils bioinformatiques pour l’analyse des variants et leur intégration dans le diagnostic en routine
- le développement d’outils de phénotypage des lymphomes B et T.

Mots clés

Génome, Génotypage, Transcriptome, Gènes d’immunoglobuline, Transfert, Méthylation

 

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